本剧改编自手冢治虫的《新选组》，讲述了父亲被斩杀的丘十郎为了磨练剑术报仇加入了新选组。在入伍考试中认识了冷酷的少年大作。出身不明，剑手光一的大作作为期待的大型新人被引入新选组。2人虽然培养了火热的友情，但不知不觉被时代的波浪捉弄，进入了必须互相残杀的悲壮的命运。...

为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则...

明治时代初期，挫败了志志雄一伙的阴谋之后，曾经的刽子手拔刀斋绯村剑心（佐藤健 饰）终于和阿薰（武井咲 饰）、左之助（青木崇高 饰）等朋友们迎来了短暂的和平时光。然而曾经那个混乱时代所种下的因，终究要在和平的土壤里开出血色之花。隆隆的炮声击碎了表面的宁静，一伙亡命狂徒向东京发起攻击。领头人名叫雪代缘（新田真剑佑 饰），他正是当年在剑心的面颊和心灵深处留下永久伤疤的雪代巴（有村架纯 饰）的弟弟。姐姐之...

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在新月...